Структура Совета состоит из двух частей – в состав первой будут входить представители органов исполнительной власти Российской Федерации, а именно: руководство Федерального агентства по делам молодежи, заместители высших должностных лиц субъекта Российской Федерации, руководители исполнительных органов государственной власти, ответственных за реализацию государственной молодежной политики, а также сотрудники аппарата полномочного представителя.